Ministerstvo vykonává státní správu Nejvyššího správního soudu tím, že
a) zajišťuje chod soudu po stránce organizační, zejména každoročně po dohodě s předsedou Nejvyššího správního soudu stanoví s ohledem na množství projednávaných věcí počty soudců, asistentů soudců a dalších zaměstnanců u něj působících,
b) zajišťuje způsobem stanoveným tímto zákonem chod soudu po stránce personální,
c) zajišťuje chod soudu tím, že zabezpečuje financování jeho hospodaření a materiálního zabezpečení v rozsahu stanoveném zvláštními právními předpisy a provádí kontroly hospodaření,1b)
d) řídí a kontroluje výkon státní správy Nejvyššího správního soudu prováděný jeho předsedou ve věcech majetku státu a státního rozpočtu a organizuje výkon státní správy soudu prováděný jeho předsedou v ostatních věcech,
e) organizuje a řídí odbornou přípravu zaměstnanců působících u Nejvyššího správního soudu,
f) usměrňuje a řídí využívání informačních technologií,
g) organizuje, řídí a kontroluje zabezpečení úkolů obranného a civilního nouzového plánování, ochrany utajovaných informací, bezpečnosti osob a majetku, požární ochrany a úkolů bezpečnosti a ochrany zdraví při práci,
h) plní další úkoly, stanoví-li tak tento nebo zvláštní zákon.